战争一旦打起来，有准备和没有准备是大不一样的……战争准备的立足点，又必须放在可能出现最困难最严重情况的基础上。既要准备帝国主义小打，也要准备帝国主义中打和大打。既要准备帝国主义使用常规武器，也要准备帝国主义使用原子武器。
罗更进一步说，如果战争打到中国，人民解放军应当在预筑阵地上保卫祖国，然后发起反攻，跨过边界将敌人消灭“在洞穴里”。2
罗的这些建议，可能代表了职业jūn_rén 的观点，对林彪来说是无法接受的。至少有一点，罗所倡议的线式防御与人民战争原则相抵触，根据人民战争的理论，中国jūn_duì 应当诱敌深入，使敌方的供应线拉得过长然后各个击破。罗还坚持如他1965年9月所说的，“千条万条，最重要的一条”是准备打仗的思想，3意即人民解放军应重新安排优先考虑的事情，至少暂时要这样做，以高度重视军事准备工作。这两点意见中，后者可能更引起争议，解放军当时在政府事务中发挥着比以前更大的作用，而且是与党的机构对抗的毛的力量阵营中关键的一部分，如果采纳罗的意见，就是对这一过程的反动：他们将要消除解放军对政治事务的影响，这样基本上就从毛联盟内撤了出来。
林彪和罗瑞卿的争议在9月初达到高潮，当时两人都发表文章纪念第二次世界大战结束和日本投降20周年，文中两人就中国的国防政策发表了完全不同的见解。1罗认为中国“一定要有足够的估计和全面的准备”以防美国进攻中国。与此相对照，林指出美国人未必如此莽撞，即使他们真的敢来，也有足够的时间来发动“几亿拿武器的中国人民所形成的汪洋大海”。这是罗最后一次公开讲话，到11月底，他从公众的视野中一下子消失了。林彪开始罗织各种罪名来控告他的同事，并将这份起诉书于12月8日交给了在上海召开的中央会议。这次会议任命了一个以叶剑英元帅为首的七人小组，调查林控告罗的各条罪状。
调查组很快就走访一圈，在来自jūn_duì 各部门代表的陪同下，于1966年3月与罗作了后来被描述为“面对面”的斗争。罗的自我检讨以不深刻为由遭到拒绝，之后，他试图从关押他的楼房跳楼自杀，但并没有死。4月8日，调查组结束了工作，最后建议罢免他担任的中央书记处书记、国务院副总理以及在jūn_duì 担任的各种职务。结案报告在5月初的中央政治局扩大会议上获得通过，有理由相信，当时担任北京市委第一书记和政治局委员的彭真在调查过程中曾为罗辩护过，但他的观点遭到拒绝。2
罗瑞卿事件因为两点理由而显得重要。其一，它充分表明毛和林既有意愿也有能力撤换任何不赞同他们的政策和向其地位挑战的人。其二，这一事件使毛和林加强了对中国专政机器中两个最关键部门的控制。罗被撤销总参谋长之职，后由杨成武接替，使林能对人民解放军主力部队发挥更大的影响。此外，清洗罗之后，公安部接着又撤换了罗以前的一些下属，于是，康生控制了国家安全机器。
吴晗和彭真在罗瑞卿受到猛烈攻击的同时，毛开始注意知识分子中的持异议者。1他把火力集中在《海瑞罢官》上。此剧作者为吴晗，一个作家兼学者，当时担任北京市副市长。毛指责这出历史剧名义上写的是明朝一个正直的官员被嘉靖皇帝不公平地罢了官，实际上是影射毛在1959年庐山会议上清洗彭德怀。毛最初可能鼓励吴写此剧本，但这却没能影响他对此剧的最终判决。
在处理吴晗和海瑞剧的问题上，毛使用了一把双刃剑。一开始，他把批判吴晗剧本的任务交给了彭真领导的文化革命五人小组，该组织成立于1964年。这一举动将彭真置于极为困难的境地，因为作为市委第一书记，当然要对自己的副市长的行为负责。彭真或许出于与吴晗密切的个人关系和对知识分子问题持较为宽容的态度，他很快就表明他要采取什么手段了：只提剧中所说的历史事件而不谈其寓意，并且举行公开讨论，显示“真理面前人人平等”。2
毛事先就意识到彭对此事的倾向性，便与此同时走了第二步棋。他让姚文元——一个与江青关系密切的上海文人——准备一篇批判《海瑞罢官》的文章。毛还特别强调，姚的文章应着重说明他认为是关键的一点：吴晗的意图是说彭德怀就是历史上的海瑞。姚的文章发表以前，毛看过三次，这充分证明了毛对此事的兴趣和卷入程度之深。3
姚的文章——对吴晗直接的严厉的攻击——于11月初在上海发表。在此之前，北京的五人小组还没有来得及对吴晗一案采取任何正式行动。彭真对此万分愤怒，这不仅因为自己的下属受到如此严厉的批评，还因为他认为没有得到党的有关部门的正式批准就擅自发表这样一篇文章，是违背了党内斗争的原则。在五人小组成员之一、宣传部长陆定一的帮助下，彭真成功地阻止了中央和北京市各大报登载姚的文章。只是在周恩来禀承毛的指示亲自干预之后，这篇文章才出现在报纸上，广为转载——首先登在《解放军报》上并加了吹捧性的编者按，然后又上了《人民日报》并附上一个怀疑性的简介。
尽管彭真最后未能压制住姚文元文章而不让其见报，但他还是努力使对知识分子的批评限制在他认为比较适当的水平上。由于有五人小组中大多数人的支持（其中只有康生是毛立场的强硬支持者），彭继续阻止发表更多的由戚本禹之类的激进文人所写的文章，他认为这些文章对吴晗来说太过分了。他坚持这一立场而不顾毛对他的直接批评。12月底，毛谴责彭无视海瑞和彭德怀之间的类比。彭则找到一些较为勉强的理由为自己辩护，他说彭德怀和吴晗没有私交，所以吴晗没有参加任何宗派活动。但彭真还是答应毛：五人小组将在两个月之内就此问题作出最后结论。
五人小组就此问题至少开了两次关键性的会议：第一次是在1966年1月2日，第二次是在2月4日。虽然各种迹象都表明毛对他们的报告一定会不满——12月毛与彭真的谈话和康生的多次警告——五人小组还是决定坚持彭真原来的态度。2月3日，宣传部还是两名副部长，姚溱和许立群概括五人小组多数人的观点起草了一个报告。
这一文件（即著名的“二月提纲”）承认文化领域内存在着资产阶级倾向问题，但同时强调必须在学术范围内讨论这一问题。1提纲意思是说，处理“像吴晗一类人”的问题有两种不同方法，一种方法是将这类事件看作政治问题，