成立新的文革小组的主要目的是继续批判文艺界的“资产阶级”思想，同时，“五·一六通知”警告，党和政府的各级领导可能会遇到与彭真、罗瑞卿相同的命运。通知指出：
一定要清除那些混进党里、政府里、jūn_duì 里的资产阶级代表人物。一旦时机成熟，他们就会要夺取政权，由无产阶级专政变为资产阶级专政。这些人物，有些已被我们识破了，有些则还没有被识破，有些正在受到我们信用，被培养为我们的接班人，例如赫鲁晓夫那样的人物，他们正睡在我们的身旁。
这样，“通知”表明毛的反修运动大大升级了：从主要是针对知识分子的运动扩大到针对全党的运动。
5月政治局会议为重组北京市委、中央宣传部和书记处作好了准备。6月初正式宣布：派中共中央华北局第一书记李雪峰取代彭真任北京市委第一书记；派中共中央中南局第一书记陶铸取代陆定一任中宣部部长；杨尚昆担任的中央办公厅主任一职则由汪东兴接替，汪当时任公安部副部长，掌握着首都精锐的卫戍部队。饱5月底6月初罢免了这么多高级领导人，充分表现了毛在自己认为十分重要的问题上寸步不让的决心，同时也说明了他完全有能力撤换那些不服从他意志的人。更为重要的是，每一次改组——总参谋部、文革小组、北京市委、中宣部、书记处——都壮大了毛的阵营，削弱了抵制和反对他的力量。换句话说，每一次清洗即便没有平息毛的愤怒，至少也为他在党内将反修运动扩大化提供了便利。
五十天《五·一六通知》发出了“资产阶级代表”已经“混进党里、政府里、jūn_duì 里”的警告，这预示着毛要在全中国对“修正主义”来一次彻底的大清洗，不只限于文艺领域而是在整个国家机构。在远离北京的华中某地，毛深居简出，把这一任务交给了刘少奇。毛后来说他早已怀疑刘是修正主义分子，其他激进分子则认为刘就是《五·一六通知》里所说的被培养为毛的接班人的“赫鲁晓夫式的人物”。
无论刘是否完全意识到毛对他的怀疑，他在1966年6月都面临着进退两难的处境。一方面，如果他要想保住自己的位子，就必须以最大的热情和最高的效率来与修正主义作斗争。另一方面，他又不得不在一定程度上保持中央对政治动员的速度进行控制，尤其是在大学校园内，他还要保护自己已受到损害的政治基础。从刘在1966年6月至7月上旬50天时间的一系列行动中可以看出他在努力摆脱这种困境。在这一段时间里，由于毛不在北京，主要由他负责党的日常事务。
到这个时候，激进的师生，尤其是北京的师生，都已获悉关于文化大革命的争论，并且了解到毛对“二月提纲”的态度。这部分是因为一些年轻的教师本身是党员，可以看到有关文件，如《五·一六通知》，这些文件通常在党内传达。还有一个原因是新成立的文革小组在北京主要的高校派驻了代表以发动群众支持他们。1
5月25日，北京大学的一些激进教授和助教在聂元梓——哲学系的一个助教——的率领下，写了一张大字报，批评学校领导支持“二月提纲”的自由化政策，压制学生就海瑞事件引发的政治问题举行大辩论。根据文化大革命结束以后发表的有关材料，聂当时得到了“中央理论调研组”的直接支持，该组织由康生的妻子曹轶欧领导，曹携“从北大点火，往上搞”的指示来到北大。2
毫不奇怪，学校当局立即采取行动压制这种行为。在此事上，他们得到了周恩来的支持。在聂的大字报贴出的当天晚上，周就另外派出一个中央工作组，批评了聂的行为。但是，毛泽东在得知大字报的内容之后，指示全国报纸、电台在6月1日刊登和广播大字报并加上鼓励性的评论。这一决定，再加上随之而来的整个北京大学领导机构的改组，无疑说明作为反修运动一部分的群众运动是天生合理的。同时，中央宣传部改组之后，对中央新闻媒体也换上了另一班人马。这样，《人民日报》上出现的煽动性社论也就越来越多。
由于上述鼓励，全国各地的大、中学校校园里都贴出了师生员工写的大字报。大多数大字报是有关教育方面的，如招生程序、学期考试、课程设置等是谈得最多的问题，但也有一些是指责学校领导甚至更高一级的官员支持修正主义政策的。这些不满意见的总爆发，就像在北大一样，许多是得到陈伯达、江青和康生领导的文革小组的鼓励的，是他们进行协调的。没多久，学校的领导权威就垮台了，学生和教工的纪律观念也丧失殆尽。
这一迅速的政治衰退过程——不同意见的崛起和现存权威的垮台——成了刘少奇颇为担忧的问题。1在没有得到毛的明确指示的情况下，他决定采取几项措施，希望藉此既能显示他反对修正主义的决心，同时又能将学生运动置于党的领导之下。一开始，他命令各大学暂停招生半年，以获得时间对大学的考试制度和课程设置重新审查并加以改革。同时，他下令成立了工作组——大概有400个工作组，1000多名组员——并将他们派到大、中学校以及金融、贸易、工业、交通等政府部门。由于共产党在过去的整风运动中，经常派工作组，所以刘毫不怀疑地认为他的决定是正常的、恰当的、无可非议的。
导致刘少奇最后毁灭的并不是派遣工作组这一做法，而是给工作组行动作的指示。工作组明显被告知，政府机构里有大量的官僚主义的一般干部和高校里的教职员应当受到批判，甚至可以解除他们的职务。例如，在财政部据说有90%的干部受到批判；在文化部，工作组被授权可以罢免2/3的官员的职务。在大学里，许许多多的一般行政人员和教师受到攻击，开始了长达10年的恐怖统治。
工作组也得到指示，在全国的主要大、中学校恢复党的领导，并将学生运动置于其控制之下。7月13日，政治局召开会议，在回顾了北京市各中学的文化革命情况之后得出