由于4月初的指示规定，只有中央权力机关有权决定参加派性斗争的群众组织的政治导向，所以陈再道请求会见周恩来和“中央文革领导小组”，讨论武汉的形势。根据陈本人的叙述，会议的结论是：武汉军区的行动基本上是正确的，应该通知武汉的激进派停止对它的冲击。对陈来说不幸的是，在北京正式宣布之前，有关该文件的消息就在武汉泄露了出来。这就引起了江青的不满。她指责陈再道是在利用他的成功搞小动作，同时试图怂恿她废除这一协议。
在此期间，武汉群众组织之间的斗争也加剧了。5月中旬，成立了一个以“百万雄师”著称的保守组织。该组织的计划是保卫军区和大多数老干部。据陈再道说，在武汉，参加“百万雄师”的人当中党员占85％，而且至少获得了大多数地方武装的暗中支持。陈宣称，军区司令部在派性斗争中正式采取中立态度，并且呼吁它们团结起来。不过，对所有卷入派性斗争的人来说，陈及其部属的真正偏向大抵是很明确的。
于是，第二轮会议于7月中旬在武汉召开，以求重新解决该城市存在的问题。从北京前往参加会议的有周恩来、中央军委的两位代表（李作鹏和杨成武）、中央文革领导小组的两位成员（王力和谢富治）。毛也亲自参加了几次会议。会上，毛和周都批评陈在2月份解散“工人总司令部”，并且命令恢复这个组织。但毛明确敦促参加派性斗争的群众组织联合起来，而且否认有任何打倒陈再道的企图。
随后，周返回北京，留下谢和王向武汉各派传达会议结果。不论公正与否，这两人拿出来的毛和周的指示是：否定军区司令部，批评“百万雄师”和支持该市激进的群众组织。为这些变化所激怒的“百万雄师”的代表们猛烈冲击谢、王下榻的宾馆。然后，有一群当地卫戍部队的士兵抓住了王力，把他拘留起来，可能还打了他。谢只是因为他的正式职务是副总理和公安部长而得到宽恕。
由于周火速赶回武汉，保释王力，并调动大量的海军和空降部队夺取了武汉的控制权，终于把暴乱压制下去。王、谢和陈再道都离开武汉，飞往北京。前两人获得了英雄般的欢迎，后者则遭到批判和审问。
像“二月逆流”一样，“武汉事件”的直接后果显然受到控制。激进派把陈的问题描述成一场兵变。因此，人们以为他将因为其不忠行为而受到严惩。但是，像谭震林一样，陈再道受到的处分比想象的要轻得多。他被解除了军区司令员的职务，但在其他方面，对他处理相当宽大，而且在林彪倒台后不到两年便恢复了职务。陈本人把此归因于毛和周的善意。但人们也感到惊诧，在文革领导小组的手中，林彪对一个完全遭到排斥、甚至不驯顺的军区司令员竟然会友好相待。
“五一六”兵团的清洗尽管“武汉事件”对主要参加者的影响不是太大，但从更广泛的方面来看，其影响是毁灭性的。激进派，包括中央文革领导小组的成员要求抓住这一机会，进一步攻击北京和各省的保守派和“修正主义分子”。7月22日，仅在“武汉事件”两天以后，江青提出了“文攻武卫”的口号。1她那个级别的领导支持席卷全国的武斗，这还是第一次。她的声明只是使恢复秩序的一切努力复杂化。
这种高涨的激进主义目标包括在中国的外交官、外交部和周恩来。许多国家的外交官受到骚扰，英国公使馆（原文如此。应为英国驻华代办处——译者）被付之一炬。一个以前曾驻印度尼西亚名叫姚登山的年轻外交官，在外交部策动一场夺权斗争，他不仅直接把矛头指向陈毅，而且还意欲指向周恩来，因为周试图保护陈。2为了批判“陈再道的后台老板”，揪出为了保护最大多数人而挺身而出的“另一个刘少奇”，3这一时期激进派书写的墙报号召打倒“旧政府”。激进的红卫兵想把周揪出来“批斗”，公然在办公室把他堵了两天半时间。
不过，这时最重要的目标不是周恩来，而是人民解放军自己。8月初，《红旗》杂志的一篇社论号召激进派打倒“军内一小撮走资本主义道路的当权派”。1人民解放军中可能有修正主义分子，这大概算不得什么新观点。1966年的“五一六通知”里有这个意思，1967年上半年的许多社论中也有这个说法。但“武汉事件”所产生的后果使得这样一个口号具有爆炸性，而且产生了许多直接的后果。军区司令员，包括一些与林彪关系密切的人都受到冲击：广州军区司令员、国防部长的得力干将黄永胜被激进的红卫兵比作“广州的谭震林”。2如果再不制止，这样一种提法将威胁到中国jūn_duì 维持任何一种秩序的能力。
毛、周和林都反对文革小组的这种煽动，他们有共同的理由：对林来说，因为它威胁到jūn_duì 的团结及其合法地位；对周而言，因为它危及他对外交事务和国务院的控制，并使他自身的政治地位受到冲击；对毛来说，因为它使中国更加运离他似乎在追求的、令人难以捉摸的团结目标。
所以，在8月底，文革小组重新改组。最激进的四名成员——王力、穆欣、林杰和关锋——被解职，第五个即戚本禹4个月后倒台。陈伯达当主编的党的理论刊物《红旗》向来是文革小组的喉舌，现在被迫停止发行。以1966年“五一六通知”命名的“五一六兵团”把“二月逆流”作借口，先是批判余秋里，然后又批判李先念、李富春和陈毅，因而受到控告，所有这一切的最终目的是推翻周恩来本人。8月，责令激进派对攻击周恩来的大字报负责。3
9月5日，中国的全部四个中央权力机关——中央委员会、军事委员会、国务院和“文革小组”——联合发出指示，企图结束全国的武斗，恢复人民解放军被砸烂的权威。禁止红卫兵组织从jūn_duì 手中抢夺武器，jūn_duì 不经中央指示，不得向群众组织转交武器。现在，允许人民解放军在万不得已的情况下使用武力，以对付抗拒jūn_duì 恢复秩序计划的群众组织。1
同一天，江青在北京的一次红卫兵集会上发表谈话，她设法让自己及“文革小组”的幸存者疏远与那四个被