日本最早出现的徐福东渡到日本的记录是1339年日本南朝大臣北畠亲房所著的《神皇正统记》。而成书于8世纪的日本典籍《古事记》和《日本书纪》只提到了秦朝人移民到日本的情况，没有徐福东渡的记载。有观点认为这是因为中国8世纪时尚未明确提出徐福东渡所到之地就是日本。
日本人认为徐福在日本的纪州熊野的新宫（今和歌山县新宫市）登陆，当地还有徐福墓和徐福神社，每年11月28日是祭祀徐福的日子。在日本徐福的传说中，日本人认为徐福带来了童男童女、百工、谷种、农具、药物及生产技术和医术，对日本发展起了重要作用，因此尊徐福为“司农耕神”和“司药神”。
按当前的资料来推测，徐福很有可能是部分日本人的祖先，换句话说，某些日本人也是有汉人血统的。不过经过这么多年，估计血统已经很稀薄了。不过不少日本人对于徐福是其祖先还是比较认同的。可以说，徐福是沟通中日关系的一个突破点吧。