东林党人也好，非东林党人也好，他们的出发点，不是争朱常洛这个人，而是因为他是皇长子，是争长幼有序，争维护祖宗家法。如果郑太妃所生的朱常洵是皇长子，他们也会同样争取册立他为皇太子。
朱常洛对东林党人确实心存感激，但是真说关系的话，其实不是那么亲密。面对方从哲和周嘉谟的推荐名单，朱常洛都采纳了。皇帝任命吏部侍郎史继偕、南京礼部侍郎沈为礼部尚书兼东阁大学士，参预机密政务。邹元标等东林党人官复原职。
随着朱常洛继位当皇帝，朱由校的身份和地位自然而然地也要跟着提高一等，应该册立为太子。
八月初四，礼部右侍郎孙如游首先上疏，请速立皇长子朱由校为皇太子。
奏本上说：“自古继统之君，遵遗训以承天意，无不急于及时册立太子。本部过去曾多次催请册立，且往日皇上在东宫养德时，皇长子朝夕与共，顾复之爱，实以父亲兼母亲；训迪之严，又以父亲兼老师。今日即使有万机代理，其势也不能不早为册立。早令其出阁读书，否则，皇上也会于心不安。先帝册立遗诏，非只为皇长子考虑，亦兼为皇上考虑也。请择吉日，早行册立，国本幸甚”。
朱常洛答复说：“遵照皇考遗诏，册立应于守孝期满释除校服以后才能举行。”
万历皇帝驾崩之后，按规定需要守孝二十七天。
但是有的大臣就不干了，兵科给事中杨涟，做事一向雷厉风行，最讨厌拖拖拉拉，立即连夜草疏再奏，说：“臣考册立故事，宣宗在宣德三年立英宗为皇太子，时二岁。宪宗在成化十一年立孝宗为皇太子，时六岁。孝宗在弘治五年立武宗为皇太子，时周岁。即先皇正位东宫，亦仅六岁而已。今皇长子年以十六，以皇上御极未及旬余，较诸帝册立为尚早；以皇长子年龄如此，而讲读未就，冠婚已逼，较诸帝正位东宫之日为已迟。”
朱常洛仍然是犹犹豫豫，不做回复。那么他这几天都在做什么呢？白天自然是处理公务，晚上则是夜夜笙歌，纵欲无度。宫廷里皇帝的花边新闻总是很容易传到朝堂。有多位官员向皇帝就此事进谏。
兵科给事中魏应嘉，上疏请从修身、勤政、亲贤、纳谏四个方面，效法明太祖朱元璋。并说