杨涟接连上了弹劾崔文升的奏折，他说：
“贼臣崔文升不懂医术，不应当让皇上的贵重之体充当试验品；如果他懂得医术，那么按着医术的通常道理，火气有余者，采用泻药，火气不足者，采用补药。皇上在哀悼先帝之余，日理万机，循医理医治应该清心滋补，而崔文升反而用杀伐之剂。然而外界流言不断，说陛下起居没有节制，嫔妃以美色侍奉陛下，这些流言一定是崔文升用来掩盖滥用药剂的奸计，希图掩饰外界的指摘。像崔文升这样的人，既加重了陛下的病情，又损害了陛下的声望，崔文升之肉，吃了也不解恨。臣闻崔文升在郑贵妃宫中掌管医药多年，未曾发生过误用药的事情；陛下任用他掌管医药，却如此颠倒，如果他是有意错用药剂，那么把他多位粉末也不足抵罪，倘若是无意之中用错药，岂能容许他一错再错！陛下为什么把这样的贼臣安置在自己的肘腋之下呢！”
卧病在榻上的皇帝看完了杨涟的奏疏，一言不发。刘一燝等几位大臣担心杨涟会因为这封奏疏收到面斥，甚至受到廷杖。大家都去请求方从哲设法解救杨涟，方从哲还是认为最好杨涟主动上疏谢罪，也许还能有救。
但是杨涟却不想谢罪，他说：“顶多不过一死，我并不怕。我自觉无罪，谢什么罪呢。”
八月二十三日，皇帝召英国公张维贤、大学士方从哲、刘一燝、韩爌、吏部尚书周嘉谟、户部尚书李汝华、礼部尚书孙如游、刑部尚书黄克缵、左都御史张问达、给事中范济世，杨涟、御史顾慥等到乾清宫的东暖阁说话。以杨涟的职位而言，离得被召入见还差得很远，大家都有些担心杨涟会被斥责。但是杨涟依旧坦然入见。
朱常洛亲自到东暖阁召见群臣，早早侍立在身旁的是皇长子朱由校。朱由校心里早就明白，今天召见如此多的朝廷重臣，是颇有一些临终托孤的意味。等到群臣都来了以后，皇帝开始讲话：
“今天，侍立在我身边的是皇太子朱由校，虽然还没有办典礼，但他毫无疑问是我的皇太子，是我大明的国本，诸位爱卿以后可要多多照顾他啊。”皇帝说话的时候，声音非常虚弱，手扶几案，眼睛却始终盯着杨涟。
“陛下，皇太子天资英伟，这是我大明的福气啊。”方从哲吹捧道。皇帝很高兴，方从哲也对自己的机敏暗暗高兴。
“