泰昌元年，九月二十九日。皇帝到皇极门临朝亲政。
大明天子下旨，将神宗显皇帝、孝端皇后安葬在定陵，将孝靖皇后迁葬到定陵。
由于浙党的弹劾，皇帝派锦衣卫重查李三才盗皇木的旧案。
这几日，朱由校看完了李三才的档案，大致了解了前因后果。
万历四十二年，河南道御史刘光复上疏朝廷，揭发李三才盗皇木营建私宅。说李三才的家居室连云，面积大的犹如半个城市，所用木料都是奉旨差官上供给皇家的木头。
李三才上疏为自己声辩，指出刘光复是宣党领袖汤宾尹之流的至亲密友。这种指责明显带着党争色彩，然而并不能证明李三才自身的清白。
当时的工部右侍郎林如楚以主管官员的身份向神宗指出：“官木散失有因，言官指摘有据。”
万历四十三年正月二十二日，林如楚遵照神宗的旨意，会同科道官员，前往通州通惠河湾中李三才住宅查勘。查勘的结果是：
李三才的住宅，园林瑰丽神奇，建筑崔巍广大，气势豪奢铺张。随同查勘的商人一致认为家眷所居楼房是用了大量的木头，而房屋左面的地基，各商人均认为是畏惧查勘临时拆毁。经查验，大多是南方杉木。李三才没有购买如此大量木头的票据。屋后迤逦约半里许，有一座花园是当年皇木厂的厂基，因此李三才侵占皇厂。而李府的二门至大门之间，原为广福寺香火地，是户部仓库地基，李三才又多了一条侵占官产的罪名。
林如楚鉴于情况属实，希望皇上下旨，由刑部对李三才盗用皇木、占用皇木厂厂基二事严加审问。
神宗批准了这一奏疏，下旨由法司会审李三才的案子。会审的哪天，法司仅抓了李三才的几名家奴审问。会审后，刑部奏报皇上，除了对李三才的家奴验明正身依律究拟外，还应对李三才盗窃公产、欺君罔上的行为，另行公议，以听圣明裁夺。
事情牵扯到这个地步，李三才声名狼藉了。他的政敌穷追不舍，当时的户科给事中官应震称他是今古罕见的大奸大恶，并由此牵连到东林，声称“东林理学，强半虚名”。
李三才在狼狈不堪时，还不忘为东林辩白。他上疏神宗，希望消党祸以安天下。
万历四十四年十月，李三才终因盗用皇木侵占皇厂，遭到削籍处分。李三才被贬官为民。