济宁周边的洼地并不是说就是完美无缺，这个地区有严重的卫生问题。因为土地不需要施肥，所以这里没有积肥的习惯，无论大小村庄，街道上没有公共厕所。居民家的厕所只为挡人耳目，也并不注重攒粪。猪、鸡都到处跑，不用栏圈。村庄到处是人畜粪便，没有人拾粪，都是任其风干或靠下雨时冲净。到处有一种恶臭的空气，朱由校在船上路过高地上的村庄都是保持屏住呼吸的状态。
恶臭暂且不提，这样的环境还导致夏秋季节蚊子特多。在朱由校的医学认知上，这种情况往往会导致寄生虫病、疟疾等疾病的发病率上升。这是与“上坡地”对比，不好的方面。
船夫划船带朱由校等人穿过辽阔的水面，抵达离济宁城不远的岸边，付完摆渡钱以后，皇帝一行人进了济宁城。
进了济宁城以后，朱由校觉得旅途的劳累根本就不算什么了，这座繁华的商业城市是他微服私访的最后一站。考察完本地的民情和了解河道总督左光斗的治水情况以后，皇帝就可以安安心心回紫禁城亲政了。
漫步在济宁城的商业街道上，朱由校看到州城内外，通衢要道，运河、越河两岸，行栈店铺林立，各地商贾云集，百业兴盛，这里的市场甚至比皇帝见到的运河名城——临清的市场更加繁荣。
济宁城在元代就成为京杭大运河上重要的交通枢纽和水旱码头，是南北传输要地和重要的物品集散中心。元代诗人曾写过一首诗，生动地描绘了当时济宁城区商业繁荣景象：“日中市贸群物聚，红毡碧碗堆如山，商人嗜利暮不散，酒楼歌馆相喧阗。”
到明代中叶，运河经济进一步提高，济宁发展成一个“车马临四达之衢，商贾集五都之市”的繁荣商业城市，每年在济宁装卸的货物达四百万担，迅速出现了“官舸商舶鳞集，麻拥于济城之下”的兴旺景象。现在城区定居之民已不下数万家，商贾之踵接而辐辏者亦不下数万家。