朱由校看完弹劾孙承宗的奏章以后，心中一团怒火在燃烧。内阁首辅在皇帝微服私访期间做的这些事，都是在事先征得朱由校同意的。有很多事情是朱由校交给枢辅的任务，比如说招募新兵，加强训练，扩充军备，严防国内奸商走私物资给后金。而今孙首辅的这些功劳却变成了他谋反的罪状。不过看到这些奏章，朱由校也确实觉得在明朝的政治体系下，内阁首辅抓军权确实有些敏感，尽管是皇帝授权。
面对着这个尴尬的局面，朱由校先是安慰孙承宗：“先生，最近辛苦了。朕出巡山东这三个多月，你管理朝政管得很好，天下安稳，这是一份功劳。”
“回陛下，臣没有功劳，臣只是谨遵圣喻而已。臣年老体弱，希望陛下能准许我辞官回乡。”
“先生不要受那些卑鄙官僚的影响，不要轻易退缩。你明明知道，朕需要你的辅佐，朕怎么可能让你辞官呢。”
“臣面对他们的指责，百口难辩，何况臣只有一张嘴。”
皇帝翻看了几份奏章，他发现有已知的东林党人的姓名。朱由校觉察到这可能是党争的开始，东林党内部有人想借此升官发财，这个事情要好好调查，说不定能揪出一条大鱼。为了慎重起见，他询问孙承宗对此事的看法。
“先生，你希望朕如何处理这些恶意诽谤的朝臣？”
“回禀陛下，臣以为真的对他们进行严厉处置的话，会阻塞言路。如果陛下还想重用臣的话，圣上可以写一道诏书说明臣在皇上外出之时执政没有过错，这样臣就心满意足了。”
“如此轻易地饶过这些伪君子，太委屈先生了？”
“陛下言重了，受不了委屈还当什么内阁首辅。”