在治河之初，皇帝下令给河道总督左光斗两个任务，一方面要保证运道的安全疏通，另一方面要解决侵害沿岸百姓的水灾问题。“保运”与“民生”缺一不可。
南运口是黄、淮、运三河交汇之地，也是治理运河的重点。
本来漕船走的不是南运口，走的是天妃闸。天妃闸离黄淮交汇处不过二百丈远，黄河水大时仍不免倒灌，致使运河时常淤垫，朝廷每年都要耗费大量的人力、物力进行挑浚工作，劳民伤财。
不仅如此，漕运也很不便利。由于两河交会，黄河水位高、淮河水位低，水流回旋淤，船只行驶十分困难。每逢载重量很大的船只出运口时，都要用多达七八百甚至上千人的牵挽民夫，鸣锣喊号，一齐用力牵拉，才能顶着湍流将船拉出运口，进入黄河。
如此过运口，一天下来，虽竭尽全力也只能通过二三十艘船，而过船之时，黄水乘机从启开的闸门涌进运河，有时竟能沿运河直抵沿岸的城池脚下，以运河为水源的居民只好将水澄清了以后再饮用。
经过实地踏勘，左光斗和徐霞客决定直接修一个新的南运口。新的南运口离黄淮交汇处有十几里远，且河曲折，又有清水下注，足以抵御黄河浊流内灌。退一步说，即使夏秋黄河暴涨，偶尔黄水入运河，不久黄水势退，清水畅流，仍然很快就会将淤泥冲刷掉，可保漕运无忧。以前每年挑浚运河所需的大量人力、物力也可以节省下来。
此外，运河不淤垫，运河中的水便不会溢入下河地区，从而也就减轻了下河的水灾。
从此以后，重运过淮，扬帆直上，如履坦途，昔鸣锣呼号、千人共挽巨艘的壮观景象一去不返。从闸上望去，只见运粮的大船、载货的商船、以及民间的木船，错落参差，在闸口管理人员的指挥下，井然有序地穿闸而过，无一阻滞。
改建完南运口，左光斗和徐霞客开始兴修运河大堤工程，最为艰难的是堵塞清水潭大决口。