光复军溃败后，日军大部向山区和农村挺进，围剿朝鲜纵队，剩余的则对朝鲜民众进行整肃，大量反抗的村庄被屠村。
朝鲜纵队的四个抗命的旅已经被关东军派出的几个旅团包围，在飞机的侦察和轰炸下，死伤惨重。日军的援军修好了公路铁路，源源不断地增援上来。
到了11月5日，4个旅一万两千人，小半战死，大半投降，只有一千多人逃离战场，进入山区，而日军仅仅损失两千人。
后来，这一部分战俘也不知去向。
四个抗命的旅长，三个战死。后来，只有一个到了安东，而且立即被崔亨植逮捕。
从11月6日开始，整个朝鲜半岛开始了一场大屠杀。
日军在义州，平壤，汉城，釜山，光州等地开始了大屠杀，第一天，几十个五六百人的村庄被杀绝，城市里也有大量的青壮被杀害。有人估计，第一天屠杀的人数高达十万。
这场大屠杀的最终屠杀人数始终是个谜团，有人估计有一百万，有人估计高达三百万，甚至有人估计杀了五百万。
在大屠杀后两三年里，大量的朝鲜妇孺老幼偷越边境，逃进满洲，整个朝鲜，一片荒芜。不少日本农民趁机移民朝鲜，从事耕作。
这一段时间里，整个朝鲜半岛处于糜烂的状态，生产几乎全部停止，从这里运出去的物资几乎为零。
|
11月8日，大屠杀的消息传到了延安和重庆。
重庆和延安先后出通电，谴责日军暴行。重庆致电国联，要求干预。重庆的韩国流亡政府又开始争吵，几乎面临着分裂的局面。
小路密电延安和八路军总部，请求结束百团大战，如不拟结束，可停止作战，以稳固现有战果，以不蹈朝鲜覆辙。
另外，小路把朝鲜的战况以及手头现有的一些朝鲜的况汇总成一份两页纸的报告，上报陕北。朝鲜局面，因为光复军冒进导致失去控制，完全打乱了我们的布局和计划，我军损失巨大，仅仅有三分之一的部队保存下来。
朝鲜的局面在几天里急转直下，给中国战场以巨大的冲击。
国统区的投降派，或者叫和平派，虽然因为百团大战的影响而沉寂了几天，因为朝鲜局势变化，又鼓噪起来。
延安和八路军则开始讨论朝鲜失败的原因，一些头脑热的人也开始冷静下来。