但是军代表筹组大联合、建立三结合的革命委员会的任务并不值得称赞，所做的一切都是为了与中央的阶级路线保持一致。对于那些出身不好的坏分子本人（并不是他们的子女），如果他们在思想和行动上不肯悔改，就禁止其参加群众组织，甚至不能重返工作岗位当教师或干部，这一规定并没有引起矛盾。这些人被归为以前所定的“牛鬼蛇神”之列。他们被遣送回乡，在群众监督下接受劳动改造。而那些出身好的则应作为学校中新的红卫兵组织的“骨干”。这一规定却引起了紧张局面。此外，“非劳动人民家庭出身的学生，对毛主席有深厚感情，有无产阶级革命精神，一贯在政治思想上表现比较好的，也可以参加”。1
jūn_duì 本身就由阶级出身好的人所组成，在精于世故的城市青年看来，它绝对是由“没有受过教育的农民”占支配地位的。他们被训练成服从命令听指挥，不会长时间停留在理智地评判互不相让的中产阶级造反派的革命精神上。因此，jūn_duì 支持那些出身好的人，但并不在乎他们属于哪一派，也不管在此之前他们曾做过些什么。当然，还是那些阶级出身好的人才能成为新的红卫兵组织的领袖，在干部及其复职问题的争论中也只有他们的话更起作用。一般说来，出身好的人愿意接受中央对干部宽大处理的方针，故而他们成为学校中解放军的天然盟友。
中产阶级的学生对这种阶级路线的重新出现十分不满，因为这种路线当初曾使他们不能充分参加这场运动。现在要建立新的权力机构，他们又一次被降到次要地位。他们中有些人甚至被拒绝参加红卫兵组织。正因为如此，1967年春天，保守派与激进派才又一次分裂。两派之间的分界线和从前一样主要是在权力关系上，两边的参加者常常处于同一种境况。1966年后半年，由于放宽了参加运动的条件，增加了斗争对象，阶级界限的划分曾发生过变化。1967年，对象被打倒后，在谁能参加新的权力机构问题上，群众组织又发生了分歧。
与激进派不同，保守派较愿意与前当权者妥协。阶级背景问题进一步加强了这种区别，尽管这种区别不总是绝对的。那些“红五类”分子，尤其是生于当权者家庭的，往往倾向于保守派。尽管任何一个学校都存在着不同的组织，但在保守派与激进派之间的分裂中，这些组织不是站在这边，就是站在另一边。全市或全省派系的联合，使这种分裂进一步扩大。在北京，保守的组织把自己与“天派”联系在一起，之所以称“天派”，是因为北京航空学院的一个组织在其中占主导地位。与之对立的“地派”，是由北京地质学院的一个组织所领导的。在广东省，保守派团结在“东风派”周围，而激进派追随“红旗派”。
但是激进派在权力均衡中不会有主动权，除非官方政策再回到1966年后期那样使他们处于有利地位，而这显然是不可能的，因为毛是不会同意的。而且，中央的态度是妥协和模棱两可的，官方一方面想要保持“一月风暴”的革命势力，另一方面要探索一种在中央切实可行的平衡措施。这就使个别领袖有很大余地在各方面操纵群众力量，直到他们之间发生武斗。对于产生的分歧，文革小组一般站在激进派一边，解放军站在保守派一边。周恩来表面上在双方之间斡旋，实际上则倾向于保守派。
在jūn_duì 最初进入学校对全体人员进行军训时，其目的是要促进联合，加强纪律性。从某种意义上讲，实现了这一目的。天津的延安中学被树为这方面的典型。1军训可能还做了一件事，即为武斗增加了一个机会。因为正是在1967年春季到秋季，很多地区的派系斗争才升级为严重的武斗。现在，运动参加者把破坏性冲突的矛头直接指向对方。
1967年7月发生了武汉事件，地方的保守派绑架了中央文革小组派去的调查员之后，江青用其著名的口号“文攻武卫”把激进派推上了舞台。此后，他们盗用部队的武器，不久，两派都有了武装小分队。这一时期激进派情绪再次高涨，有些组织开始攻击整个权力结构和所有的干部，不管他们是不是“好”的毛主义者。有些人甚至要求继续彻底重新分配社会政治权力。同时，他们还攻击政府领导人、保守派群众组织和解放军。
此刻，毛又站在中立的角度进行干预。8月初，激进的“五·一六”兵团被曝光，该组织是受中央文革小组某些成员领导的，矛头指向周恩来。早已策划好的反jūn_duì 当权者的运动被取消。9月初，江青撤回她武卫的号召。新措施的宣布清楚地表明运动的巩固价段开始了。秋天，又宣布了重建党和清理阶级队伍的任务。工人，而不是学生，被正式称为文化大革命的主力，学生因犯错误受到批判。春天，他们接到回学校复课的通知。 1967年底，毛以同一种调子发出了一系列指示，目的是缩小斗争目标，重申对干部采取宽大政策，维护解放军的统一，使不和的各派群众组织联合起来。
在此基础上各省的革命委员会才最后形成。各省争权的领袖们，包括解放军、干部和保守派与激进派的群众组织代表，都被召到北京。在文革小组、周恩来及jūn_duì 的积极监督下，他们自己商讨解决他们之间争端的办法。但保守派与激进派的分歧并没有因大联合而消失，它们被带进新的执政的革命委员会。
当时，激进派对由解放军支持的日渐强大的干部—保守派联盟来说，明显处于守势。中央在1968年春天发动了最后一场反右倾运动。双方利用从解放军那里夺来的武器进行武斗，甚至把当地驻军也牵扯了进去。激进的争论者当时宣称，“争夺政治权力的斗争的焦点始终是关于干部问题的两条路线斗争”。同时，“资产阶级的”干部被复职，而革命干部却靠边站。而且激进派群众组织的代表正在被挤出中学的革命委员会。在这些问题的斗争还在进行时，有些激进分子就退出了斗争，他们预料他们这一派会成为“为革命付出的部分代价”。1
1968年7月中央发出严禁武斗的命令，毛召集北京的红卫兵领袖开会，会上他严厉批评他们参加内战。2他们拒绝停止内战，毛遂亲自命令工人进入学校去阻止战斗。他送给驻清华大学工人毛泽东思想宣传队的巴基斯坦芒果被作