方从哲听了皇帝的话以后，心里一惊。明宫三大案的事，皇帝对他还是有意见的，事到如今，不如急流勇退。方从哲跪下请辞：“启禀陛下，老臣年事已高，体力已衰。对朝中大事小情无能为力。执政多年以来，身无寸功。请皇上准许臣告老还乡。”
皇帝走下台到方从哲面前将他扶起，安抚说：“老臣切莫心寒，切莫轻言告老还乡。大明社稷还需要你继续操劳呢！”方从哲听见皇上这番话，老泪纵横。
朱由校转身回到御座上，面对群臣对红丸案做一个总结：“先皇身体虚弱，为万历皇帝爷爷的丧事劳累哀毁，用错猛药导致先皇英年早逝。崔文升和李可灼皆是庸医害人，他们虽无弑君之过，但有弑君之实。朕现在下令处死他们二人，今日西市开刀问斩。好了，就这样吧，今日早朝结束。”
“吾皇圣明，吾皇万岁万岁万万岁。”大臣依次退下。朱由校气呼呼的回到乾清宫。
朱由校生气的原因是朋党之争。在明末的朋党之乱中，士大夫的品格整体堕落，乡愿之风流行，狂狷之气恨少。朋党政治严重毒化了政治空气，士大夫囿于风会，哪里有精力挽回一个清明的朝廷政局。最终如鱼烂土崩，断送了大明江山。南明政权弘光、隆武、鲁王、永历依然卷入党派之纷争，相继覆亡。
方从哲其实并不是朱由校心里内阁首辅的最佳人选。只要牵扯到党派的人，都不是当内阁首辅的材料。今日朱由校本来想让方从哲离职，但是又考虑到内阁中没有适合当内阁首辅的人选，他不能下抉择。
突然，朱由校想到了一个人。他对刘时敏说道：“咱们朝里有没有叫孙承宗的官员？”
“回万岁爷，孙承宗是左春坊左庶子，是正五品官，在文华殿左庑官署办公。”
“刘时敏，这个左庶子是什么官啊？”
“万岁爷，左庶子是专门负责给太子讲读的老师。”
“那孙承宗现在算是闲职，没事可做。”
“对，万岁爷！”
“你传他过来吧，朕要在中极殿召见他！”
中极殿是位于外朝三大殿中间的宫殿，相比前面的皇极殿和后面的建极殿，它的体量最小。中极殿的平面呈正方形，前后石阶三出，左右各一出。殿四周出廊，面阔与进深各三间，单檐攒尖顶，上覆黄色琉璃瓦，铜胎鎏金宝顶，金扉锁窗，很像一座方形大亭。因为面积较小，中极殿比较适合皇帝单独召见某一个大臣。
左庶子孙承宗来到中极殿面圣，行跪拜大礼。皇帝叫他免礼平身，朱由校仔细端详了这位名臣的相貌。