二、建立保甲，加强沿海居民的自卫能力。朱纨将福州、泉州、兴化三府沿海地方的州县居民每十家编为一甲，甲内的各家轮流值班，以防一家挟制其余各家。甲内的居民，每人都要置办一两件锋利的兵器，用于各自的随身防护。一旦遇到倭寇，鸣锣为号，邻村邻乡，各执器械，协同擒拿。
三、禁渡船，严海禁，斩断番商、倭寇、走私者的增援与补给。朱纨认为，彰、泉地方的奸豪与乡官是海道不靖的弊源。要靖海道，就必须先除其弊源。地方上见到往来的大船，一律收入水寨。尺寸较小的渔船可以继续打渔为生。
四、整顿海防，填补士兵、战船的缺额。针对沿海战船严重缺额的情况，朱纨首先清查、修补破损的船只，然后购买查禁的双桅帆船，充作军舰。对于士兵的缺额问题，朱纨采取招募乡兵的方式来解决。
通过整顿，朱纨逐步培养出了一支训练有素的水师。这支水师首次配备了“福清捕盗船只”这样的新制战船，它还有一个闻名遐迩的称谓，叫“福船”。
朱纨在随后的双屿港之战、浯峪之战、走马溪之战接连取得大胜，把葡萄牙人清除出闽、浙沿海，沿海的秩序在朱纨的努力下重新得到恢复，倭乱的势头也被抑制下去。当地百姓重新过上了和平宁静的生活。
但是朱纨的政策极大地触犯了沿海世家大族的利益，于是这些世家大族纷纷与朱纨作对。另一方面，朱纨在朝中的支持者夏言在与严嵩的斗争中失败，出于政治上的需要，严嵩竭力地削弱朱纨的权力。不久之后，代表闽浙豪门世家利益的陈九德借朱纨将生擒海盗斩首一事，弹劾朱纨刑戮过重，朱纨因此被革职待查。
后来，杜汝帧报告称先前朱纨俘斩之人是满剌加国商人，并非倭寇，朱纨不分首从，竟然直接斩首了。兵部法司收了沿海世家大族的黑钱，众口一致污蔑朱纨。最后嘉靖皇帝下诏，将朱纨从苏州押解到北京，朱纨知道后在家服药自杀了。
在中极殿里，袁可立给皇帝讲的这番历史旧闻，血淋淋让人惊悚。他的口才很好，思路清晰，让人如同当事人一般见证历史的无奈。
“陛下，这些人安给朱纨的罪名，显然是欲