士民乡绅要求废除站笼施行仁政的状子，雪片似得飞往京城，上报朝廷。此时的左光斗还在河政前线呢，当初许显纯刚刚来协助河道总督时，为了鼓励百姓举报阻拦河防的恶霸，他规定，凡是举报实情的人，赏银五两银子。重赏之下，百姓们各个踊跃举报，许显纯一下子就抓到了一大批犯人。河政的阻力顿时小了不少。
抓到犯人，许显纯要求把他们羁押到济宁城。左光斗清楚那是他的办公所在地，他认为许显纯不会这么早就大开杀戒的，他会等左大人回来审理案件的。
等到河防稍稍巩固，水患暂时平息，左光斗回到济宁时，不少心肠软的官僚到河道总督这里告状。左光斗这才知道许显纯已经虐杀了这批犯人，他急忙与这位杀人魔头见面，质询他的恶行。许显纯却说这是皇帝的意思，他只是照办罢了。
河道总督急忙写了一封奏章，他详细记录了许显纯的作为，送交给皇上，要求严惩许显纯。跟这份奏章一同送往紫禁城的还有徐霞客写的治水工程总计划。许显纯得知这个消息，也写了一份自述表明为国尽忠的心迹。
送交奏章以后，左光斗开始有步骤的让难民回家，他以工代赈，让百姓们整修城墙、河堤等公共设施。唯一麻烦的是不少粮商囤积粮食，不开仓售卖或是哄抬价格，左光斗遇着这种奸商，就用锦衣卫许显纯的名头来吓唬他们。结果大有奇效，不少粮商都开门卖粮了，只有那种死猪不怕开水烫的奸商，左光斗把掌柜绑到公堂上打了几板子，才老老实实做生意。
这几份奏章火速到达北京的朝堂，皇帝立刻召见工部尚书徐光启，与之商议徐霞客呈上来的治水方案。徐光启本人也是精通水利工程的内行，能为天子提出参考意见。这份计划号称是一劳永逸之计，它的具体内容可简单概括为以下要点：
一是疏通下游。在清江浦以下经云梯关到海口三百里的河段上，采用“寓筑于浚”的方法，挑挖引河，疏通河道，并以挖出的土筑成两岸大堤。
二是疏通上游淤塞之处。挑浚从高家堰以西到清口淮水下游所淤垫的烂泥浅滩地，使淮水从清口畅流而出，助黄刷沙。