河道总督左光斗和幕僚徐霞客在治水上首先进行了导黄入海的工程。左光斗给皇帝写了一封奏章说明导黄入海的好处，皇帝给予了大力支持。
徐霞客认为：治水必始自下游，下游疏通则上流自然不会饱涨泛溢。如果不疏通淤塞的下游河道，一旦上流决口全部堵塞，大水全部下注，仍会因下游不通而无处可去、四处溃决、泛滥横流。因此他们把疏通自清江浦以下、历经云梯关、直达海口的下游河段以导黄入海列为大修方案的第一项。
海口，或称河口，是黄、淮二河合流入海之处。由于黄河含沙量大，泥沙受海潮顶托之力，大量淤积在河口，使河口扩展很快，陆地不断向海中延伸，从而使千百年来的海岸线变化很大。
云梯关是黄淮合流入海的河口处。左光斗和徐霞客通过调查得知：这段河道原先河身宽达一二里至四五里的地方现今只宽一二十丈，原来深达三五丈至五六丈的地方现今指深几尺。倘若不将其进行疏通，河水就无法顺畅的入海。
他们还发现：自万历后期以来，海口淤沙已经有十年之久，沙层十分坚硬，单独靠水力来冲刷是不可能的，而且很有可能导致河水不但无法冲刷掉泥沙，反而会冲垮堤岸的不良后果。因此，在这项工程中，他们采用了“疏筑结合”、“寓筑于浚”的方法，在自清江浦到云梯关这段河道上挑挖引河，同时以挖出的土筑成两岸的大堤。
所谓引河，又称引水河，是在河道上开挖的用以引导河水直流刷沙的人工河道。其方法是：在河身两旁离水三丈远的地方，各挖一条面宽八丈、底深两丈、深一丈二尺的引河，与原有河道平行成“川”字形。从引河中挖出的土，就近运到河边，筑成坚实的大堤。
这样，在原先狭窄的河身两旁的旧堤便被夹在引河与原河身之间，等上流决口尽堵、黄淮二水合流下注后，来势凶猛的河流受新筑大堤的束缚，便会顺着预挖的引河流往下游，而河身与引河间的旧堤受到水流自上而下和两侧面的三面夹攻，不久便会尽行刷去，然后旧有的河身与新挖的引河便会连为一体，直到冲刷得与引河差不多深。时日一久必会使河道刷深，河水畅流入海。
此外，自云梯关到海口一百多里长的河道是下游中的最下游，也是左光斗、徐霞客最为重视的地方。这段河道上，除了近海二十里因为时有海潮、泥土泥泞无法施工之外，其余八十多里河身淤积情形与云梯关内几乎一样。但因这儿靠海近，筑的堤只要能够拦水就可以了，不必像关内那样筑得又高又厚。