然而，宣祖李昖和光海君李珲的关系却越来越差。李昖威望大跌，李珲则因为领军打仗而威望大增。
壬辰倭乱平息之后，光海君的世子之位没有一天做安稳过，这是由于他先天的弱点——既非嫡子，也非长子，违背宗法制“立子以嫡”、“立嫡以长”的原则。朝鲜小朝廷内围绕更换世子的问题掀起议论。其中阻挠光海君的人主要属于小北派，以领议政柳永庆为首，故又称柳党；而支持光海君最有力量的则是大北派李尔瞻。
最令光海君揪心的问题还是宗主国明朝拒绝册封他为王世子。自壬辰倭乱到宣祖薨逝，朝鲜先后五次遣使请求册封光海君为王世子，理由是他贤明且有功于社稷，而长子临海君则有病且做过俘虏，结果均被明朝方面以违背长幼之伦为由拒绝。
当时明朝也在进行国本之争，明神宗宠爱次子朱常洵，大臣们则要求尽早立长子朱常洛为皇太子，礼部自然不会同意在藩邦开了立次子的坏头，所以光海君受到了明朝内斗的连累。
万历三十六年二月初一，宣祖李昖过世。危机重重的王世子李珲终于等来即位。即位以后，李珲立刻收拾反对他的小北派，赐死柳永庆等人，并流放、罢斥多人，暂时坐稳了王位。
光海君除了肃清“柳党”，还把兄长临海君流放乔桐岛。这时，光海君以权署国事的名义，派李好闵等赴明朝请封。但明朝坚持认为光海君的合法性不足，要派遣官员去朝鲜调查，李好闵则辩解说临海君已中风，无法继承王位，明朝礼部又要求提供临海君让贤的奏文。
万历三十六年六月，明朝果然派遣辽东都司严一魁、自在州知府万爱民进入朝鲜展开调查。这两