万历四十六年，徐兆魁任都察院右佥都御史，巡抚湖广等地，兼提督军务。在任期间操练军马，整顿边防，加强备战，安抚百姓，清理屯田，储备粮饷，革除弊政，搜剿贼盗，并大力兴修水利，赈济灾民。当时仓库空虚，粮食不够供给，朝廷下令按田亩加派粮税。徐兆魁量民间疾苦，要求户部减轻百姓田税。
万历四十八年，徐兆魁升任协院左副都御史不久，升都察院右副都御史。
皇帝很看重的一点是，徐兆魁跟东林党结怨，不会在江南对他们的劣迹网开一面，搞特殊关照。徐兆魁领了旨意对皇帝是千恩万谢感激涕零，没想到年纪大了还能够做一方巡抚，他风风火火的赶到南京上任。
自从燕王朱棣篡了侄儿建文帝的皇位，把个皇城迁到北京。这大明开国皇帝朱元璋钦定的首都南京，便成了留都。但因为明太祖的皇陵在南京，龙脉之所出的安徽凤阳也离南京不远,朱家后代的皇帝，出于对祖宗的尊敬,至少在名分上，还是保留了南京的特殊政治地位。
除了内阁之外，一应的政府机构，如宗人府、五军都督府、六部、都察院、通政司、大理寺、詹事府、翰林院、国子监、太常寺、鸿胪寺、六科、行人司、钦天监、太医院、五城兵马司等等，凡北京有的，南京也都保留了一套。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府。
不过，北京政府管的是实事儿，而南京的政府，除了像兵部守备、总督粮储的户部右侍郎、管理后湖黄册的户科给事中这样为数不多的要职之外，大部分官位，都形同虚设。
由于实际的政治权力掌握在北京政府手中，南京的政府官员，大都是仕途失意之人，或者是为了照顾级别，安排来南京当一个“养鸟尚书”或者“莳花御史”。
尽管两府级别一样，但是，同样品级的官员，由北京调往南京就是一种贬谪，由南京调往北京则被视为可喜可贺的升迁。因此，一大批受到排挤或者没有靠山的官员都聚集在南京，尽情享受留都官员的那一份闲情逸致。
对于这些享受闲情逸致的官员，徐兆魁是不会为难的，他要把他的工作重心转向在清丈田亩和查抄海贸走私。本来徐兆魁曾经因为李三才的事和东林党打过长时间的笔战。这回声名显赫的东林党人士要作为重点的查抄对象。